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DESY ist mit der Metropolregion Berlin/Brandenburg intensiv verwoben. Der Standort in Zeuthen hat gemeinsame Professuren mit der Universität Potsdam und der Humboldt-Universität zu Berlin und kooperiert darüber hinaus mit weiteren Hochschulen und Forschungseinrichtungen. Zeuthener Gruppen sind aktiv in Helmholtz-Allianzen und Graduiertenkollegs beteiligt. Zusätzlich ist DESY in der Region in unterschiedlichen Netzwerken vertreten und pflegt partnerschaftliche Beziehungen zu Schulen und Bildungsinitiativen. Damit ist DESY in der lokalen Wissenschafts- und Bildungslandschaft sehr gut sichtbar für Partner, Firmen und die allgemeine Öffentlichkeit.
Eine Liste der Kooperationen und Netzwerke folgt in Kürze.