Die Regelarbeitszeit gestaltet sich folgendermaßen: Mo. - Do. von 8:00 bis 16:30 Uhr (inkl. 30 Min. Pause) und Fr. von 8:00 bis 15:30 Uhr (inkl. 30 Min. Pause). Eine Vollzeitbeschäftigung besteht aus 39 Arbeitsstunden.

Darüber hinaus bestehen folgende Arbeitszeitmodelle:

• Das Modell der Gleitzeitarbeit wird nicht individuell sondern immer nur für eine ganze Gruppe bzw. Teilgruppe vereinbart. Für die teilnehmenden Beschäftigten kann die tägliche Arbeitszeit zwischen 6:30 und 9:00 Uhr beginnen und zwischen 15:00 und 19:00 Uhr enden, bzw. freitags zwischen 13:30 und 19:00 Uhr.
   
• Telearbeitszeit wird immer mehr in Anspruch genommen. Die alternierende Telearbeit wird für einen befristeten Zeitraum vereinbart (maximal zwei Jahre). Ein wesentlicher Teil der Arbeitszeit soll jedoch in der Forschungseinrichtung selbst erbracht werden.
   
• Die Vertrauensarbeitszeit läuft auch außerhalb der Regelarbeits- und Gleitzeit. In der Regel wird die Vertrauensarbeitszeit in der Wissenschaft und in Leitungsfunktionen genutzt.
   
• Wechselschichtdienst: Im Beschleunigerbereich arbeitet mehr als ein Viertel der Beschäftigten (> 100) über einen Zeitraum von vielen Jahren (z.T. Jahrzehnten) im Wechselschichtdienst. Dies bedeutet, dass sie 11 Wochen im Jahr (d.h. 77 Schichten) Schichtarbeit leisten (Schichtmodell D). Die Vergütung erfolgt über eine Schichtpauschale. Darüber hinaus gibt es noch viele Personen, die in reduziertem Umfang Schichtarbeit leisten.
   
• Teilzeitarbeit: bzw. Arbeitszeitreduzierung. Dieses Modell wird bei DESY in einer Vielzahl unterschiedlicher Variationen gelebt. Es wird von 15 % der 2211 Beschäftigten (Stand Apr. 2016, ohne Doktoranden und Doktorandinnen) wahrgenommen. Dies sind 33,7 % der weiblichen und 7,6 % der männlichen Beschäftigten.
  Unter das Arbeitszeitmodell der Teilzeit fallen bei DESY auch angestellte Doktoranden und studentische Hilfskräfte:
  Doktoranden sind generell mit 50 % angestellt. Ihr Anteil am Gesamtpersonal beträgt 7 %.
  DESY beschäftigt 62 studentische Hilfskräfte (2,7% des Gesamtpersonals). Die meisten unter ihnen  arbeiten deutlich weniger als die  maximal zulässige Wochenarbeitszeit von 20 Stunden.
   

Weitere Modelle der Teilzeitarbeit sind:

• Elternzeit: bis zu drei Jahre pro Kind, als vollständige Arbeitsbefreiung oder Teilzeitmöglichkeit.
   
• Altersteilzeit: Halbierung der bisherigen Arbeitszeit im Zeitraum von bis zu fünf Jahren vor Altersrenteneintritt.
   
• Familienpflegezeit: Möglichkeit, für bis zu sechs Monate - vollständig oder teilweise - zur Betreuung pflegebedürftiger, naher Angehöriger von der Arbeit freigestellt zu werden.

• Kurzfristige Ausnahmeregelungen im Bedarfsfall / Ausweitung der Gleitzeit und Telearbeit:  z.B. um im Notfall kurzfristig die Betreuung erkrankter Angehöriger abdecken zu können, (z.B. Arbeitszeitbeginn am frühen Nachmittag, um sich mit dem Partner die Betreuung eines erkrankten Kindes zu teilen), bzw. das kurzfristige Arbeiten von zu Hause (soweit Telearbeit arbeitsorganisatorisch möglich ist). In Absprache mit dem Gruppenleiter werden diese Ausnahmeregelungen zum Teil schon heute umgesetzt.
   
• Meetingfreie Stunden / Tage: Die Meetingorganisation sollte dabei Aspekte wie Teilnahmepflicht, Ortsgebundenheit  (per Video- oder Telefonkonferenz), (freie) Zeiträume und Häufigkeiten berücksichtigen.

Um Beruf und Familie besser zu vereinbaren, wird derzeit über weitere Arbeitszeitflexibilisierungsmodelle nachgedacht.